当前我国的城市化水平已经超过50%，说明居住在城市的人口已经超过农村的人口。在这个新的阶段中，我国的城市化和城乡发展面临几个基本问题：
第一个问题是应对城乡差距的扩大和实现城乡平衡发展
改革开放以来，城市化水平从不到20%增加到50%，城乡差距从1980年代后期以来逐步扩大，对城市化发展所带来的压力和挑战越来越显著。因此，如何缩小城乡间的收入差距，包括缩小城乡间的公共服务和社会福利的差距，是城市化中后期的重要任务。城市化发展越来越需要通过有效方式，实现城乡平衡发展。推动城乡平衡发展需要优先对农村和农业部门进行投资，需要促进财政的转移支付，也需要促进城市部门的经济资本和社会资本更多地投入到农村地区，同时需要确保在城市化发展过程中农村人口、流动人口能更加平等地享受发展的收益。
城乡平衡发展不仅仅是要实现城乡经济发展的平衡，同时要重视城乡间社会利益的合理分配。同时，城市化和城乡统筹发展也需要实现城乡发展能力的平衡，特别是在农村地区有效积累人力资本和经济资本，包括促进农村地区社会组织和市场中介组织更好地发挥作用，促进从传统农村向现代农村发展的能力，这比单纯强调城市部门对农村的财政转移支付更加重要。
第二个问题是加强城乡发展的流动性和实现城乡结构重新构造
城乡间不仅存在人口迁移流动的相互影响，城市化和城乡发展过程也包括人力资本、物质资本在城乡之间的相互影响，包括土地开发利用的变化，也包括城市生活方式逐步向农村传播和扩散。城市化的宏观过程下包含着城乡之间的相互影响，城乡经济结构和社会结构不断调整和重新构造。落后的传统农业部门和现代城市工业部门的二元结构体系逐步被打破，经济结构从农业经济为主体的经济向现代工业经济不断升级转型，社会结构上的农业社会也逐步向中产阶级比重不断提升的现代社会结构演变。这种城市化内在蕴含着的结构性转型要求实现生产要素的流动性和促进人的流动性，当劳动力和土地等资源要素的自由流动受到阻碍，则有可能阻碍城市化的进程，而当人口的社会流动性受到阻碍，则会带来社会结构的固化。例如当大量乡村移民进入城市却难以融入城市体系，难以实现向上的社会流动，就会使传统的城乡二元结构转移到城市内部形成城市内部的新二元结构。社会结构的流动性受到阻碍，也限制了现代社会的中产阶级的形成。因此，如何实现城乡发展的流动性，促进城乡间经济社会结构的持续提升是推动城市化的重要动力。
第三个问题是破除城市化过程中的制度壁垒，实现制度突破
在强政府的发展模式下，制度因素对我国的城市化和城乡发展具有深刻影响。
城市化中后期发展也是制度建设的攻坚阶段，如何改革作为城乡二元结构载体性制度的户籍制度，如何推进城乡社会保障制度、就业制度、土地制度、公共财政体制的改革，并逐步建立城乡整体发展、区域整体发展的制度框架，这需要巨大的改革勇气，也需要细致周密的改革部署。
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